2016赛季，深圳市足球俱乐部为了进一步体现深圳本土特色，将队徽主色调进行了调整。队徽将俱乐部红色色调，城市标志建筑，城市精神和市花融为一体，旨在寓意新深足秉承“深圳精神”开拓深圳足球美好未来的决心。队徽延续了象征热烈，奔放，激情，斗志的俱乐部红色色调，融合了深圳最具代表性建筑，深圳市民中心，深圳市市花勒杜鹃以及代表深圳精神的“拓荒牛”等本土元素进行设计。市民中心剪影与化为勒杜鹃花瓣形状的市民广场融合成队徽主体盾牌结构。盾牌作为骑士精神的代表，是勇气，意志，使命和守护的象征。象征深圳精神与深足的拓荒牛位于市民中心前的市民广场，寓意在深圳市政府，深圳市民的关注与支持下，深足以崭新的姿态守护深圳足球梦想，满怀坚定的意志和勇气，雄心勃勃开拓深圳足球新的辉煌。
2016年12月8日，深圳市足球俱乐部官方宣布，球队的队徽从原来的簕杜鹃红色变成中国红，改成中国红是要表达一种热情、拼搏、胜利的理念。
队服
主场队服
2016赛季球衣主色调变化取材簕杜鹃，由卡尔美设计并制作。全新的主场球衣由洋红色、海军蓝色和浅金色组成，搭配海军蓝色的短裤，袜子则呈现出洋红色、海军蓝色和白色三种颜色。洋红色代表深圳市的市花簕杜鹃，海军蓝色象征着深圳这座海滨城市以及战斗精神，浅金色则象征俱乐部在过去取得过的荣誉。新球衣正面象征胜利的巨幅V字型纹与球队上一款球衣一脉相承，同时V字型纹也是俱乐部新的品牌形象中一个重要组成部分。进行了颜色调整和细节优化的新队徽绣在新球衣的胸口，深圳市民中心建筑、拓荒牛、簕杜鹃花瓣等都是最能代表深圳这座城市的符号。球衣背部衣领下方亮出响亮的口号“为深圳而战！”，表达球队为整座城市而战的决心。球衣背面下方的“One Goal One Love”小织标代表了KELME在2016年的一项公益活动，签约KELME的中甲球队在新赛季的正式比赛中每打进一球，KELME便向当地足球特色学校捐赠五百元足球装备。
客场队服
深圳市足球俱乐部的客场队服色调为白色，搭配白色的短裤和球袜，球袜上有洋红色的装饰斜纹。与主场球衣一样，客场球衣也更加修身，面料上提花工艺使球衣整体更具透气性，同时增加腋下冲孔工艺，进一步提升运动员在炎热天气比赛中的运动表现。
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